İkinci safha, 1989 Kasım’ındaki MK toplantısıyla başlar ve 1991 başında toplanan I. Genel Konferansla noktalanır. Bir yıllık hızlı bir örgütsel şekillenme ve o günün koşulları içinde anlamlı sayılabilecek bir politik çalışma eşliğinde, bütün bir 1990 yılını kaplayan bu örgütsel gelişme safhası, EKİM’in nihayet bir ilk örgütsel omurgaya oturması ile sonuçlandı. Mevcut tüm örgütlerimizin geniş ve tam bir temsiline dayanan I. Genel Konferansımız, bu ilk gerçek örgütsel gelişmenin doruğuydu. 1990 yılı, gelişme süreçlerimiz içinde, kendini önceleyen (ve hareketimiz için varlık hakkı ve olanağı kazanmak doğrultusundaki zorlu ilk mücadelelere sahne olan) ilk ikibuçuk yıllık oluşum döneminin sonuçlarının devşirildiği bir yıl olarak kabul edilmelidir.